Las dos víctimas fallecieron ahogadas en la pequeña localidad de Beaumont, al sur del país, junto a la frontera francesa.
Una mujer de 72 años murió cuando el automóvil en el que viajaba fue arrastrado por la corriente hasta un callejón donde fue sumergido por las aguas.
La otra víctima falleció al ser arrastrada por las aguas cuando se dirigía a pie a su vivienda.
La circulación de los trenes de alta velocidad entre Bruselas con París y Londres ha quedado suspendida a la altura de Halle debido al temor a que pueda romperse un dique del canal de circulación fluvial que une la capital belga con la ciudad de Charleroi (sur).
El servicio está interrumpido desde las 08.30 GMT y se desconoce cuándo podrá restablecerse, según indicó un portavoz de Infrabel, la empresa que gestiona la infraestructura ferroviaria, citado por la agencia Belga.
La mayoría de las provincias del país se encuentra en alerta total o parcial ante los desbordamientos de muchos ríos por las continuadas precipitaciones de la última semana.
Trece espeleólogos holandeses fueron rescatados ilesos a última hora de la tarde del sábado tras quedar bloqueados en la profundidad de una grieta cerca de Lustin (sureste) debido a la subida del nivel de las aguas.
El Ministerio de Defensa ha movilizado una cincuentena de militares para ayudar a las autoridades de las localidades más afectadas, donde ha enviado además miles de sacos de arena, grupos electrógenos, canoas y equipos de bombeo.
El Instituto Meteorológico Real mantiene para hoy en gran parte del país la alerta roja por la continuación de las lluvias, aunque se espera que remitan a partir de esta noche y durante los próximos días.