Los últimos aviones salieron poco antes de las 5.00 GMT y los primeros no lo harán hasta las 8.30 GMT, indicó un portavoz del aeropuerto.
En total han sido cancelados medio centenar de vuelos de los dos aeródromos, el de Berlín-Tegel y el de Berlín-Schönefeld.
Los reglamentos de tráfico aéreo prohíben el despegue y aterrizaje de aviones si no hay equipos de bomberos en activo.
Se trata de la segunda huelga de advertencia en los aeropuertos de la capital alemana en este mes.
Con este paro el sindicato pretende elevar la presión sobre las negociaciones de convenio para los 1.500 empleados de ambos aeropuertos.
Ver.di exige un aumento salarial del ocho por ciento, mientras que la sociedad que gestiona los aeropuertos ha ofrecido un 2,6 por ciento, además de una paga única de 1.250 euros.
La patronal anunció que está dispuesta a hacer alguna concesión más en la próxima ronda de conversaciones que empezará esta tarde, pero ha exigido a la parte laboral que haga lo mismo.