Tras los dos españoles se clasificaron el australiano Casey Stoner (Ducati) y el italiano Valentino Rossi (Yamaha).
Esta es la primera "pole" de Pedrosa en 2009, que comenzó el año muy mermado físicamente como consecuencia de la caída que sufrió en los entrenamientos invernales en Qatar.
Al frente de la clasificación se sucedieron al principio de los entrenamientos libres los italianos Andrea Dovizioso (Honda) y Valentino Rossi (Yamaha); y el finés Mika Kallio (Ducati), que mantuvo su maquina la primera durante más de diez minutos.
El francés Randy de Puniet (Honda) sufrió una fuerte caída al comienzo de la sesión, y el italiano Marco Melandri (Kawasaki) siguió sus pasos al final de la hora de los entrenamientos oficiales.
Stoner desbancó a Kallio cuando a Pedrosa la moto casi le tira al suelo y los entrenamientos oficiales entraban en la fase decisiva de la prueba de hoy.
A catorce minutos para el final, Stoner era el mejor seguido por el estadounidense Colin Edwards (Yamaha), Pedrosa, Lorenzo y Rossi.
El español de la Yamaha oficial mejoró el tiempo del oceánico de Ducati en su vigésimo quinta y allí permaneció durante varios minutos. Stoner estuvo a punto de quitársela, pero no pudo por cinco milésimas, y volvió a la carga cuando se le agotaba el tiempo para, esta vez sí, dejar a Lorenzo relegado a la segunda plaza.
El piloto de Palma de Mallorca se la devolvió enseguida, en el último minuto. Sin embargo, quedaba por pasar Pedrosa por la línea de meta, quien, por cinco milésimas, 1:33.974 por 1:33.979, se hacía con la primera plaza en la parrilla de salida.
Esta es la duodécima "pole" del triple campeón mundial de Barcelona en los cuatro años que compite en la categoría reina.
Tras los dos españoles, Stoner pudo con Rossi y Dovizioso. El australiano logró su mejor tiempo en su vigésimo tercer giro a la pista del mítico trazado del noroeste francés con un tiempo de 1:34.049 por 1:34.106 del ocho veces campeón del mundo y 1:34.300 del italiano de Honda.
Edwards al final fue quinto por delante del australiano Chris Vermeulen (Suzuki), vencedor en Le Mans en 2007 bajo la lluvia, y el compañero de equipo de éste, Loris Capirossi.
El estadounidense de Yamaha paró el crono en 1:34.330 por 1:34.676 del australiano de Suzuki y 1:34.839 del italiano. Melandri hizo su mejor vuelta en 1:35.008
El tercer español de la categoría, Toni Elías (Honda), se clasificó en la undécima plaza, con 1:35.431, a casi un segundo y medio de Pedrosa.