El galo sólo le sacó 47 segundos a Sainz, y 8 minutos y 55 segundos al tercer clasificado, el estadounidense Mark Miller (Volkswagen).
Cuarto fue el qatarí Nasser Al Attiyah (Volkswagen), que mantiene la segunda plaza en la general, pero a más de quince minutos del piloto madrileño.
Peterhansel se resarció hoy de la fatídica jornada de ayer, en la que partía como líder pero terminó perdiendo más de dos horas, tras problemas en el sistema de transmisión de su BMW, que hasta entonces funcionaba de maravilla.
Pese a la victoria, el galo es séptimo en la general, a dos horas, 4 minutos y 2 segundos de Sainz.
El madrileño, que aún no ha ganado ninguna etapa, se escapa en la general, con 15 minutos y 24 segundos de ventaja sobre Al Attiyah y 17 minutos y 47 segundos sobre Miller.
El portugués Carlos Sousa (Mitsubishi) es cuarto, y el estadounidense Robby Gordon (Hummer), tercero el año pasado, es sexto a más de una hora y media de la cabeza de carrera.
La etapa de hoy deparó a los pilotos mucha variedad de terreno, con un espectacular final en Iquique tras descender un tobogán de arena de tres kilómetros.
Mañana, en la séptima etapa, los participantes harán el recorrido inverso, de nuevo hasta Antofagasta, en la especial más larga de la competición, con 600 kilómetros.
La larga travesía empezará con grandes dunas, tras las que los pilotos entrarán en un salar, donde deberán reducir drásticamente la velocidad, para seguir después por pistas rápidas y abiertas.