Los partidos de ida se jugarán el 18 de febrero y los de vuelta tendrán lugar el 25 del mismo mes. El Athletic Club, como primero de grupo, afrontará el encuentro de vuelta en casa, mientras que Valencia, Sevilla y Villarreal deberán afrontar el partido de vuelta lejos de sus estadios.
El exjugador Alexander Frei, embajador de la final de Basilea (Suiza) que tendrá lugar el 18 de mayo de 2016, fue el encargado de extraer las bolas que han deparado la suerte de los equipos españoles. La eliminatoria estrella sin presencia española será el Borussia Dortmund-FC Porto.
--ELIMINATORIAS DE LOS DIECISEISAVOS DE FINAL DE LA EUROPA LEAGUE
VALENCIA CF - Rapid Viena.
ACF Fiorentina - Tottenham Hotspur.
Borussia Dortmund - FC Porto.
Fenerbahçe SK - FC Lokomotiv Moscú.
RSC Anderlecht - Olympiacos FC.
FC Midtjylland - Manchester United.
FC Augsburgo - Liverpool FC.
AC Sparta Praga - FC Krasnodar.
Galatasaray AS - SS Lazio.
FC Sion - SC Braga.
FC Shakhtar Donetsk - FC Schalke 04.
Olympique Marsella - ATHLETIC CLUB.
SEVILLA FC - Molde FK.
Sporting Clube Portugal - Bayer 04 Leverkusen.
VILLARREAL CF - SSC Nápoles.
AS Saint-Étienne - FC Basilea 1893.