El Nikkei bajó 85,08 puntos hasta los 10.030,11 enteros, mientras el índice Topix, que agrupa a todos los valores de la primera sección, también bajo 8,91 puntos, el 1,02 por ciento, hasta las 866,57 unidades.
Los 33 sectores de la Bolsa retrocedieron en la jornada de hoy, sobre todo la minería, la banca y el de misceláneas, que incluye al gigante de los videojuegos Nintendo.
La venta de acciones estuvieron bajo una fuerte presión debido al grave ataque de la víspera de Corea del Norte a una isla surcoreana, así como a los temores por la persistente crisis de la deuda en Europa.
"Los corredores de bolsa evitaron los riesgos y el mercado mostró signos de sobrecalentamiento, en un contexto de tensión geopolítica en la península coreana", dijo a la agencia local Kyodo el analista de Nikko Cordial Hiroichi Nishi.
Los gigantes Sony y Nintendo registraron sendas caídas del 2,1 por ciento, mientras Nikon retrocedió un 2,9 por ciento.
Las acciones de los grandes bancos japoneses se mostraron débiles hoy. Sumimoto Mitsui, líder en valor, cayó un 2,5 por ciento; el líder en volumen, Mizuho, retrocedió un 1,5 por ciento, y Mitsubishi UFJ cedió un 2 por ciento.
La casa de valores Sojitz subió un 9,1 por ciento debido a sus negociaciones para aliarse con la minera australiana Lynas dirigida a abastecerse de metales raros, muy codiciados para la fabricación de productos de alta tecnología.
En la jornada de hoy perdieron 1.142 valores, ganaron 399 y 119 se mantuvieron.
El volumen de la negociación fue de 2.121,29 millones de acciones, por encima de las 1.745,16 del lunes pasado, dado que ayer fue festivo en Japón y no operó la Bolsa.
El dólar se mantuvo estable en la banda baja de los 83 yenes, mientras el euro se cotizó en la parte baja de los 111 yenes.