Rivera estuvo al frente de la Dirección General de Trabajo desde el 2010 y hasta el pasado mes de junio, sucediendo en el cargo a Juan Márquez, que a su vez había relevado a Francisco Javier Guerrero, que sigue en prisió. Está imputado por la juez Mercedes Alaya, encargada de la instrucción del caso, de los presuntos delitos continuados de omisión del deber de perseguir delitos, infidelidad en la custodia de documentos, prevaricación y malversación.
La juez le señala como responsable de haber otorgado 42,94 millones de euros en ayudas pese a los informes jurídicos que cuestionaban la legalidad del sistema de ayudas ideado en el año 2001 y regulado por medio de un convenio-marco, así como no haber aportado todos los expedientes requeridos por el Juzgado y que se encontraban bajo su responsabilidad directa y la "desaparición" de algunos documentos de los expedientes de las ayudas.
Durante una breve intervención ante la comisión, en la que ha comenzado asegurando se acoge a su derecho a no responder preguntas, Rivera ha dicho sentirse "satisfecho" del trabajo realizado durante su etapa en la Dirección General de Trabajo, una labor que, según ha apuntado, ha desempeñado de "la manera más honesta" y que no le hace "merecedor" de las imputaciones de la justicia, ni tampoco del "atropello" de su derecho constitucional a la presunción de inocencia por parte de los medios de comunicación.