Su primera instrucción relevante en la Audiencia Nacional fue el caso Nécora. En junio de 1990 por primera vez un juez dirigió desde un helicóptero en Galicia a los 350 policías que participaron en una operación que supuso la desarticulación de los principales clanes gallegos de contrabandistas.
Juez y político
Pero Baltasar Garzón cayó en la tentación de la política. Fue en las listas del Partido Socialista en 1993. Elegido diputado, nombrado delegado del Gobierno para el Plan Nacional sobre Drogas, su paso por la política se acabó en 10 meses. Garzón se enfrentó al entonces presidente Felipe González al que acusó de pasividad ante los casos de corrupción que arreciaban contra su partido.
Tras su abandono de la política, volvió a su juzgado y abrió el caso GAL. Fue el responsable de encarcelar a los policías José Amedo y Michel Domínguez . Tras varios años de proceso judicial, en 1998, el Tribunal Supremo condenó e ingresó en prisión a ex altos cargos socialistas, entre ellos, el ex ministro del Interior José Barrionuevo.
Nada más terminar el juicio contra Barrionuevo, empezó su persecución contra la organización terrorista ETA y contra su entorno. Cerró el diario Egin y desde entonces hasta la actualidad ha ido suspendiendo las actividades de todas las organizaciones vinculadas a la izquierda abertzale.
La Justicia universal
La fama internacional le vino con la instrucción del caso de los desparecidos españoles durante las dictaduras de Argentina y Chile. En ese procedimiento impulsó la detención en Londres del general chileno Augusto Pinochet a quien procesó por los presuntos delitos de genocidio, terrorismo y torturas. No consiguió juzgarlo; el ministro del interior británico suspendió la entrega de Pinochet por motivos humanitarios.
Garzón ha soliviantado los ánimos del PSOE y del PP. A él mismo le gusta recordar que ha conseguido poner de acuerdo a los dos principales partidos en una algo: los dos le guardan algún rencor.
La primera querella le vino de la mano del ex secretario de Estado para la Seguridad, Rafael Vera. Y el enfrentamiento definitivo con el Partido Popular se produjo a raíz de la guerra de Irak. Garzón se pronunció abiertamente en contra de la invasión de ese país; la última, se la presentó Federico Trillo, a cuenta de la investigación del caso Gürtel, la trama de corrupción que salpica al PP. Todas fueron archivadas. La que sigue viva, de momento, es la querella del sindicato Manos Limpias por intentar abrir una causa general contra el franquismo.