Barakat fue asesinado en un atentado con coche bomba en El Cairo en junio de 2015, el cargo más importante fallecido desde el golpe de Estado de julio de 2013 contra el presidente Mohamed Mursi, de Hermanos Musulmanes.
El ministro del Interior, el general Magdi Abdel Ghaffar, ha explicado este mismo en rueda de prensa que el atentado fue ordenado por los dirigentes de Hermanos Musulmanes exiliados en Turquía en coordinación con Hamás, que habría aportado el entrenamiento y los explosivos.
El Ministerio del Interior ha mostrado un vídeo en el que varios individuos de unos 20 años de edad confiesan haber participado en las protestas y más tarde haber atacado a policías con petardos, destruido postes eléctricos y haber visitado Gaza para recibir formación militar de Hamás.
Inmediatamente después, Hermanos Musulmanes ha rechazado las acusaciones, tras lo que el portavoz de Hamás, Sami Abu Auhri, ha recalcado que son "infundadas" y destinadas a dañar "los esfuerzos para mejorar las relaciones entre Hamás y El Cairo", según ha informado la agencia palestina de noticias Maan.
Desde el golpe de Estado de 2013, varios jueces y otros altos cargos han sido objetivo de las milicias islamistas tras la ilegalización de Hermanos Musulmanes. Cientos de simpatizantes del grupo murieron en la represión.
Además, los grupos de Derechos Humanos han documentado numerosos casos de "desapariciones forzosas" y confesiones bajo coacción. Los detenidos no tienen acceso a los abogados durante semanas o meses y denuncian torturas. Las autoridades niegan estos abusos.