La detención se produjo en una región montañosa del norte de Afganistán, sobre las 08.00 GMT, por parte de soldados del cuerpo especial de elite, KSK.
En la operación resultó herido un soldado germano, añadieron esas fuentes, que identificaron al detenido como Abd Al Racik, líder de la milicia radical en la provincia de Badakshan.
Al sospechoso se le imputa haber perpetrado un atentado contra una patrulla alemana, en junio de 2008, así como otros ataques contra las tropas internacionales desplegadas en el país.
El ministerio de Defensa confirmó así informaciones difundidas por la edición digital del semanario "Der Spiegel", según las cuales el detenido estaría en estrecho contacto con la cúpula taliban en Pakistán.
El líder capturado estaba bajo vigilancia del comando de elite desde hacía meses, indicaron las fuentes de Defensa, y la operación había sido preparada con todo detalle.
Previa a la detención se produjo una persecución de varias horas de duración, en la que resultó levemente herido el soldado alemán, que fue trasladado a Kabul.
Desde el inicio de la misión germana en Afganistán, en 2002, han muerto en ese país 32 soldados germanos, de los cuales 13 en atentados.
El último atentado mortal se produjo hace apenas una semana en las cercanías de Kunduz, con el saldo de un militar muerto y cuatro heridos, coincidiendo con la visita sorpresa del ministro de Asuntos Exteriores, Frank-Walter Steinmeier.
El mismo día de la visita de Steinmeier se había producido ya un ataque, con otros cuatro soldados heridos.
Tanto la canciller Angela Merkel como Steinmeier garantizaron tras esos repetidos ataques que Berlín mantendrá su compromiso con el futuro de Afganistán.
Como parte de la Fuerza Internacional de Asistencia a la Seguridad (ISAF), misión militar bajo mando de la OTAN, Alemania tiene destacados unos 700 soldados en Kunduz, del total de 3.800 militares que forma el contingente germano en ese país.
Hasta 2011, el monto de la ayuda alemana a Afganistán habrá alcanzado los 1.200 millones de euros.