Los afganos se acercaron hasta un grupo de soldados alemanes en dos vehículos civiles, señaló la citada fuente.
El ataque desde un tanque alemán se produjo después de que los afganos se negaran a detenerse para ser registrados.
Un portavoz del mando en Potsdam subrayó que las fuerzas armadas alemanas "lamentan" lo sucedido y que analizarán el incidente.
Según informaciones del gobernador de la provincia de Kunduz, Mohamed Omar, fueron seis los soldados afganos que murieron.
El ataque se produjo tan solo horas después de que tres soldados alemanes murieran y otro cinco resultaran gravemente heridos en los hasta ahora más encarnizados combates contra la guerrilla talibán desde que el Bundeswehr envió tropas a Afganistán en 2002.
El segundo incidente tuvo lugar cuando soldados alemanes del campamento de Kunduz se dirigían al lugar en el que habían tenido lugar los primeros combates, para relevar a sus compañeros.
Camino de ese punto, dos vehículos civiles, que luego resultaron pertenecer al ejército afgano, se acercaron hasta el grupo de alemanes y, según las citadas fuentes, rechazaron detenerse aún después de que "la parte alemana intentara por todos los medios controlaros".
Desde que comenzó la operación alemana en Afganistán han muerto 39 soldados del Bundeswehr.
El ministro de defensa, Karl-Theodor zu Guttenberg, interrumpió ayer sus vacaciones de Semana Santa en Sudáfrica y tiene previsto regresar a Alemania, a donde las víctimas serán repatriadas, previsiblemente hoy.