El incidente tuvo lugar durante la jornada del sábado en un centro de la organización en el condado de Mundri, ubicado en el estado de Amadi.
"Según las informaciones del comisionado de Mundri, fueron robadas sábanas, ordenadores, teléfonos y otros documentos importantes", ha apuntado Mabruk.
MSF habría suspendido sus operaciones en el estado y habría evacuado a todo el personal desplegado en la zona, según ha informado la emisora local Eye Radio.
Por el momento se desconoce quién estaría detrás del saqueo de las citadas instalaciones.
La violencia ha ido en aumento en el que es el país más joven de África desde los combates de julio en la capital, Yuba, entre tropas leales al presidente, Salva Kiir, y al exvicepresidente y líder rebelde, Riek Machar, en los que murieron más de 300 personas.
Machar huyó de Sudán del Sur y se trasladó a Sudán --y después a Sudáfrica--, desde donde emplazó a sus fuerzas a reorganizarse para mantener una "resistencia armada" frente al Gobierno de Kiir.
La rivalidad entre Kiir, de etnia dinka, y Machar, que es nuer, se tradujo en un primer conflicto en diciembre de 2013, cuando el presidente del país decidió cesar a Machar como su número dos.
El conflicto entre los dos bandos terminó con un acuerdo de paz firmado en agosto de 2015 y que implicaba el regreso de Machar a para que volviera a ser nombrado vicepresidente del país, nombramiento que llegó en abril de 2016.
Sin embargo, las continuas violaciones del pacto y los graves combates de julio llevaron al cese de Machar, que fue relevado en el cargo por el general Taban Deng Gai.
A mediados de noviembre, la representante especial de Naciones Unidas en Sudán del Sur, Ellen Maregrethe Loj, alertó de que el país corre el riesgo de volver a verse inmerso en una guerra civil a gran escala.