La investigación la dirige el Juzgado de Instrucción 3 de Amposta, en funciones de guardia, y la juez ya ha empezado a ordenar el levantamiento de los cadáveres.
La envergadura del accidente ha hecho activar el protocolo judicial de grandes catástrofes, por lo que el juzgado que investiga tiene a su disposición todos los recursos disponibles --con independencia del juzgado al que estén adscritos--, además de la colaboración de los partidos judiciales más próximos si hace falta.